近年来，我校海峡联合研究院围绕推进科技创新高质量发展，以六大研究中心建设为牵引，深化科研体制机制改革，主动对接国家和区域经济发展战略需求，开展前瞻性、基础性、实用性和关键性研究，构建了完善的科研体制机制，创新活力和发展动力得到充分释放。研究院已建成一支结构合理、梯次明显的高端人才梯队，现有国家重大人才计划10人、长江学者6人、国家杰青2人、国家优青5人，80%以上课题组负责人获得省级以上人才称号；先后产出了一大批具有世界影响力的重大科研成果，2015年以来，以福建农林大学为第一单位发表文章450多篇，其中在植物科学研究领域发表2篇Cell（其中1篇综述）、2篇Nature和1篇Science，率先实现建校以来CNS零的突破和大满贯，同时还发表7篇Nature Genetics文章，并保持平均每年1-2篇的发表量，形成了科技创新发展的良好态势。
突出组织引领。坚持以党的政治建设为统领，聚焦党支部规范化标准化建设，结合科技创新和社会服务实际，强化要素统筹和责任统筹，一体推进基本队伍、基本活动、基本制度建设，着力增强党支部组织力和领导力。优化支部设置，把支部建在科研团队上，重点选拔思想道德素质高、获得省级以上人才称号党员担任支部书记，选拔道德品质好、优秀青年后备人才担任支委，实现组织设置更加科学优化、领导班子更加坚强有力。设立党员示范岗，在实验室设置党员标识牌，党员科研工作者亮出身份、担起责任、发挥作用，带动全院上下弘扬科学家精神，坚定创新自信，勇攀科技高峰。深化项目化推进机制，围绕科研抓党建，抓好党建促科研，科研项目在哪里“发力”，党建工作就在哪里“加油”，形成“政治融入、理念引导、思想影响、组织保证”合力，让党建引领为科研创新“赋权、扩能、增效”，把支部建设成为富有创造力的团队型党支部。
突出机制牵领。坚持党对科技事业的领导，紧紧围绕国家高质量推进科技创新的战略需求，大刀阔斧改革创新，以党管人才制度优势构筑科技创新领先优势，打造学校的“人才特区”和“创新高地”。按照“四个面向”总要求，坚持问题导向和需求导向，组织建立自上而下和自下而上、定向性和体系化相结合的创新方向决定机制，实现创新方向有组织的整合。坚持系统观念，全方位打造开放多元的人才培养引进体系、统筹优化的资源配置体系、系统科学的科研评价体系、协同推进的管理服务体系，建立新型的科技创新和人才培养机制，赋予相对独立的人财物支配权、技术路线决策权，充分保障团队构建、资金支持、资源调配等，构建体现智力劳动价值的薪酬体系和收入增长机制，最大限度地激发了人才的创造活力和潜能。
突出团队带领。坚持强化有组织的科研和产学研协同攻关方向不动摇，以培植高水平科技创新团队为抓手，转变科技管理职能，把更多精力从分钱、分物、定项目转到定战略、定方向、定政策和创造环境、搞好服务上来，打造“分可独立作战，聚可合力攻关” 的稳定研究团队。培育创新团队，通过引进培育战略科学家，实施青年创新人才培育计划，发挥科研团队在引进和培养领军人才中的核心作用，以才引才聚才育才，孵化更多创新团队（课题组），实现人才资源竞争优势，构架任务目标明确、运转机制灵活、人才梯队合理的高水平创新团队。组织协同攻关，统筹各中心优势科技资源，发挥科研团队人才集群优势，协同校外知名高校、科研院所和龙头企业，有组织的联合优势团队攻关重大科学问题，大幅提升承担新兴学科、交叉学科中科学前沿、重大科研项目能力，服务国家和区域经济社会发展。
研究院作为学校的“人才特区”和“创新高地”，实施有组织的科研，才能培育新学科、培养新动力、产出新成果，将资源优势转化为创新优势、人才优势、发展优势，在抢占农业科技制高点，推动农业高质量发展取得先机、获得发展。